治療胃酸倒流，能夠分為藥物及手術治療兩方面。腸胃肝臟專科畢耀權醫生指，如發現病人患上胃酸倒流，會先檢查其嚴重程度，正常情況下初步會安排病人服食能降胃酸的藥物，並根據好轉情況逐步減藥。
藥物治療
降胃酸的藥物主要是減少胃酸對食道的刺激性，讓食道有時間復原，不會影響消化。畢醫生指，如用藥後情況好轉，會逐步減藥，部份病人更可停止服藥。不過如病人在減藥下改善情況不進反退，就可能會演變成長期服藥。
利用藥物治療胃酸倒流，大約需時8-12個星期，視乎醫生判斷病人的情況，藥物治療方案大致有兩種：一是從較弱效的藥物開始，務求在藥物影響最小的情況下控制病情；二是重鎚出擊，希望能在最短時間解決胃酸對食道的傷害。
畢醫生指上一代胃藥對中和胃酸都有一定程度的作用，對病情較輕的患者或有幫助，如效果不理想，會使用質子泵抑制劑(Proton-pump inhibitor)，對抑制胃酸分泌顯著而長效，但病人要注意需在用膳前半小時服用，如早餐8時開始，便最遲要在7時半服食，效果一般會持續一整日(嚴重患者可能需一日兩次)。現時各類針對胃酸倒流的藥物，價錢參差，最貴可到三十多元一粒不等，一個月藥費幾乎過千。
當胃酸倒流的情況嚴重至高劑量藥物也無效，或病人厭倦長期服藥，便可以考慮做手術治療胃酸倒流。
手術方法
治療胃酸倒流的手術(Anti-reflux surgery)，目的是希望透過手術增加食道下端的阻力，防止胃酸反流。而由於胃酸倒流成因眾多，病患者食道長短和下食道括門結構有異，胃酸倒流手術所用的技術亦根據不同成因而有所不同。
一般治療胃酸倒流的手術，需要開刀（傳統手術或經腹腔鏡進行）胃底折疊術是將部分胃底的結構捲繞包圍住食道下端，以增加食道下端的阻力、改變胃與食道角度從而減少胃酸反流。
治療胃酸倒流的手術，涉及開刀，並需全身麻醉，故有一定程度的風險。此外術後可能會出現胃食道管腔過份狹窄形成吞咽困難，反而需要進一步處理。
不過，治療胃酸倒流亦有不用開刀的內窺鏡方法，其中一種這類手術主要是經內窺鏡在胃底進行胃黏膜切除術，藉住術後胃底黏膜傷口成疤繼而使賁門收緊，減少胃酸倒流。相比之下，內窺鏡手術沒有外在疤痕，風險亦少一點，較易為大眾接受，但相對技術要求更高。
以上手術主要針對下食道括約肌失調的情況，如果屬其他情況，例如有些人胃酸倒流原因是食道裂孔疝(Hiatus hernia)，手術做法就會不一樣。
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